bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C.
Aid文件:
ID001.1
ID032.1
ID090.10
Bfilt文件:
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID055.1 XXX
6666666666666666666666666666666666666
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333
要得到Cnew文件:
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333
awk
'NR==FNR{a[FNR]=$0} NR>FNR{for(i in a)if($0~a[i]){print;getline;print}}'
Aid Bfilt >Cnew
这个十分慢;用 extractfastabyid 处理。