PCA方法及其应用
主成分分析(PCA)
- 主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是最常用的一种降维方法,通常用于高维数据集的探索与可视化,还可以用作数据压缩和预处理等。
- PCA可以把具有相关性的高维变量合成为线性无关的低维变量,称为主成分。主成分能够尽可能保留原始数据的信息。
在介绍PCA的原理之前需要回顾涉及到的相关术语:
-
方差
是各个样本和样本均值的差的平方和的均值,用来度量一组数据的分散程度。
-
协方差
用于度量两个变量之间的线性相关性程度,若两个变量的协方差为0,则可认为二者线性无关。协方差矩阵则是由变量的协方差值构成的矩阵(对称阵)。
-
协方差矩阵
矩阵的特征向量是描述数据集结构的非零向量并满足如下公式
A是方阵,v是征向量,A是特征值。
-
特征向量和特征值
原理
矩阵的主成分就是其协方差矩阵对应的特征向量,按照对应的特征值大小进行排序,最大的特征值就是第一主成分,其次是第二主成分,以此类推。
算法过程
1、对所有样本进行中心化:xi-(x1+x2…xm)/m
2、计算样本的协方差矩阵X(X.T)
3、对协方差矩阵X(X.T)做特征值分解
4、取最大的d个特征值所对应的特征向量w1,w2…wd
输出投影矩阵W=(w1,w2,…,wd)
PCA算法的原理《机器学习周志华》
sklearn中主成分分析
在sklearn库中,可以使用sklearn.decomposition.PCA加载PCA进行降维,主要参数有:
- n_components:指定主成分的个数,即降维后数据的维度。
- svd_solver :设置特征值分解的方法,默认为‘auto',其他可选有‘full', ‘arpack', 'randomized'。
- 其他可查看官网API学习
PCA实现高维数据可视化
目标:已知鸢尾花数据是4维的,共三类样本。使用PCA实现对鸢尾花数据进行降维,实现在二维平面上的可视化。由4维转变为2维。
实例程序编写:
具体代码:
1、建立工程,导人sklearn相关工具包:
# 1、建立工程,导人sklearn相关工具包
import matplotlib.pyplot as plt
# 加载matplotlib用于数据的可视化
from sklearn.decomposition import PCA
# 加载PCA算法包
from sklearn.datasets import load_iris
2、加载数据并进行降维:
# 2、加载鸢尾花数据集导入函数
# 加载数据并进行降维
data = load_iris()
# 以字典形式加载鸢尾花数据集
# y表示数据集中的标签,X表示数据集中的属性数据
y = data.target
X = data.data
# 加载PCA算法,设置降维后主成分数目为2
pca = PCA(n_components=2)
# 对元数据进行降维,保存在reduced_X中
reduced_X = pca.fit_transform(X)
3、按类别将降维后的数据进行保存:
# 3、按类别将降维后的数据进行保存
# 第一二三类据点
red_x, red_y = [], []
blue_x, blue_y = [], []
green_x, green_y = [], []
for i in range(len(reduced_X)):
if y[i] == 0:
red_x.append(reduced_X[i][0])
red_y.append(reduced_X[i][1])
elif y[i] == 1:
blue_x.append(reduced_X[i][0])
blue_y.append(reduced_X[i][1])
else:
green_x.append(reduced_X[i][0])
green_y.append(reduced_X[i][1])
4、降维后数据点的可视化:
# 4、降维后数据点的可视化
# 第一二三类据点的可视化,调用scatter()函数
plt.scatter(red_x, red_y, c='r', marker='x')
plt.scatter(blue_x, blue_y, c='b', marker='D')
plt.scatter(green_x, green_y, c='g', marker='.')
plt.show()
结果展示:
红色:第一类数据点的散点图
蓝色:第二类数据点的散点图
绿色:第绿类数据点的散点图
可以看出,降维后的数据仍能够清晰地分成三类。这样不仅能削减数据的维度,降低分类任务的工作量,还能保证分类的质量。
最后的思考
感觉这次代码不是很复杂,可以理解,用到了一个plt.scatter()函数
plt.scatter()用法:
# plt.scatter()函数的原型:
matplotlib.pyplot.scatter(x, y, s=None, c=None, marker=None, cmap=None, norm=None, vmin=None, vmax=None, alpha=None, linewidths=None, verts=None, edgecolors=None, *, data=None, **kwargs)
参数的解释:
-
x,y:表示的是大小为(n)的数组,也就是我们即将绘制散点图的数据点
-
s:是一个实数或者是一个数组大小为(n),这个是一个可选的参数。
-
c:表示的是颜色,也是一个可选项。默认是蓝色’b’,表示的是标记的颜色,或者可以是一个表示颜色的字符,或者是一个长度为n的表示颜色的序列等等,感觉还没用到过现在不解释了。但是c不可以是一个单独的RGB数字,也不可以是一个RGBA的序列。可以是他们的2维数组(只有一行)。
-
marker:表示的是标记的样式,默认的是’o’。
Typora插入数学公式的一些用法:https://www.cnblogs.com/wreng/articles/13514391.html
我也不知道为什么,博客园没法上传Typora公式,就只能截图了