前言
虽从事企业应用的设计与开发,闲暇之时,还是偶尔涉猎数学和算法的东西,本篇根据个人角度来写一点关于KMP串匹配的东西,一方面向伟人致敬,另一方面也是练练手,头脑风暴。我在自娱自乐,路过的朋友别太认真,嘿
背景
目标串: T(1…..n)
模式串: P(1…..m)
输出:搜索P在T中的位置 s,令 T(s…s+m-1) === P(1…m)
例如:
a g c t a g c a g c t a g c t g中查找a g c t g 返回 12(从1计数)
资料
资料太多了,我在此不准备进行深入分析整个推算过程,所以本篇文章只写给自己看
E文好理解能力好的直接去看原篇论文《Fast Pattern Matching in Strings》
主要思想参考这里:
主要实现参考这里:
http://blog.csdn.net/yearn520/article/details/6729426
http://biaobiaoqi.me/blog/2013/05/25/kmp-algorithm/
笨拙的大脑
我和很多普通人一样,对于此类问题,大脑中的第一反应时朴素暴力匹配法
- 假设T从i处开始迭代索引
- 比较失配时,使用回溯法,将P相对于T右移1位,然后T的迭代索引回溯到i+1,重新匹配
- 缺陷:重复的移动操作,重复的比较匹配操作
- 效率:移动操作为(n-m),比较操作为m,数量级O(n*m)
优化的KMP
KMP的核心思想是,利用模式串进行自我匹配,生成前缀数组,优化移动和匹配操作
- 目标串无须回溯,只需要移动模式串即可,节省移动操作
- 重复的匹配可以省略,节省了匹配操作,大概列两种极端的例子
- 额外的空间开销O(m)(存储nexts数组),线性时间开销 O(n+m)
难点
算法的关键和难点在于计算前缀数组next[]
实现
- 前缀数组next实现
static void SetPrefix(IList<char> pattern, int[] nexts)
{
nexts[0] = 0;
int m = pattern.Count;
for (int i = 1; i < m; i++)
{
int k = nexts[i - 1];
while (pattern[i] != pattern[k] && k != 0)
{
k = nexts[k - 1];
}
if (pattern[i] == pattern[k])
nexts[i] = k + 1;
else
nexts[i] = 0;
}
}
- KMP匹配方法实现
static IEnumerable<int> KMP(string text, string pattern)
{
int[] nexts = new int[pattern.Length]; int n = text.Length;
int m = pattern.Length; SetPrefix(pattern.ToList(), nexts); for (int i = 0, j = 0; i < n; i++)
{
while (j > 0 && text[i] != pattern[j])
j = nexts[j - 1]; if (text[i] == pattern[j])
j++; if (j == m)
yield return i - m + 1;
} yield break;
}
待续
下面列一些字符串模式匹配的其他算法,以后有时间好好研究和实现
- Boyer–Moore string search algorithm
- Boyer-Moore-Horspool string search algorithm
- Apostolico-Giancarlo string search algorithm
- Aho-Corasick multi-pattern string search algorithm
- Rabin-Karp multi-pattern string search algorithm
- Suffix trees
结语
关于串匹配的算法还有很多,关于KMP的改进实现也有很多,时间和精力有限,以后有时间再深入!