一、conda的安装及环境配置

1、conda可以安装miniconda或者anaconda 

$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   ###运行激活conda

2、之后可以添加不同的channel，创建独立的conda环境例子，以下为我需要配置MAESTRO环境。

$ conda config --add channels defaults
$ conda config --add channels liulab-dfci
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge
# To make the installation faster, we recommend using mamba
$ conda install mamba -c conda-forge
$ mamba create -n MAESTRO maestro=1.5.0 -c liulab-dfci
# Activate the environment
$ conda activate MAESTRO  
###在运行MAESTRO时，要先激活环境，之后进入R可以直接library("MAESTRO")，因为MAESTRO不仅是一个环境，也是一个R包，里面有很多函数。

3、一些常见的conda命令

conda --version
# 显示conda 版本
conda info --envs
# 查看当前存在环境
conda create -n your_env_name python=X.X
conda create --name new_name clone old_name
# 创建新的虚拟环境（克隆旧的名字）
conda activate your_env_name 
# 激活虚拟环境
conda remove -n your_env_name --all
# 删除虚拟环境
添加阿里源
#设置搜索时显示通道地址   
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/  
# 当前的 cofig
conda config --set show_channel_urls yes
# 查看添加的镜像：    
conda config --show    
# 当前channels文件
conda config --get channels  
# 删除源     
conda config --remove-key channels

二、 在conda中安装R

1、首先说明一下，其实我们学校的服务器好像管理员事先安装了R和Rstudio server，所以我其实就安装了miniconda及配置其环境。而R的话直接在Xshell命令行输入R之后就进入R界面了。

2、用conda安装R程序

conda info --envs # 查看环境
conda create -n R4.1  # 创建名为R4.1的环境
source activate R4.1  ####4.1表示R版本为4.1
conda list            #查看当前安装的软件
conda install r-base  #安装R语言
conda install r-stringi # R包 以 r- 开头 
conda deactivate # 退出当前环境

3、如果要在安装R包，还可以进入R界面直接用R命令进行安装，服务器会默认在当前路径下创建一个R文件夹，下面放置R包。

（1）R命令：install.packages("devtools")

library("devtools")

install_github("liulab-dfci/MAESTRO") ###从GitHub上下载R包必须带前面的详细内容

三、在conda安装Rstudio Server

1、Rstudio server安装是需要管理员权限的，所以这个一般都是一个服务器安一个就好了。

2、一些Rstudio server常用的命令，每个命令前面都可以加上sudo表明超级权限，但是因为我不是超级管理员，所以不能加上sudo。

www@mercury:~$ rstudio-server verify-installation
Server is running and must be stopped before running verify-installation
########这个结果表明RStudio server已经安装上了。
www@mercury:~$ rstudio-server start
==== AUTHENTICATING FOR org.freedesktop.systemd1.manage-units ===
Authentication is required to start 'rstudio-server.service'.
Multiple identities can be used for authentication:
 1.  ******
 2.  **
 3.  ***
 4.  ***
Choose identity to authenticate as (1-4): 
#####表明要启动RStudio server,需要向有权限的人申请。

systemctl status rstudio-server.service
rstudio-server status
####两条命令均为查看服务器中人studio server的状态。

www@mercury:~$ rstudio-server stop           ###停止运行
==== AUTHENTICATING FOR org.freedesktop.systemd1.manage-units ===
Authentication is required to stop 'rstudio-server.service'.
Multiple identities can be used for authentication:
 1.  ******
 2.  **
 3.  ***
 4.  ***
Choose identity to authenticate as (1-4): 
#####要停止Rstudio server也需要管理员认证。

rstudio-server restart   ####重启Rstudio server

3、 服务器上管理Rstudio server

管理RStudio Server

1、登录方式：安装并启动RStudioServer之后就可以通过ip地址加端口号进行访问，格式为http://<server-ip>:8787，server-ip为服务器登录的ip地址。默认情况下RStudio Server 的端口是8787。登录需要输入服务器登录的用户名和密码。

——这样子之后就可以在网页上运行Rstudio，并且写R脚本代码，就不用在终端一行行输入了。
2、终端查看rstudio-server的一些常用命令：

sudo rstudio-server verify-installation #查看安装是否正常
sudo rstudio-server start               #启动RStudio-server
sudo rstudio-server status              #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop                #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart             #重启RStudio-server

3.切换不同版本的R

sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf

更改下面两个则切换anaconda2/bin和/usr/bin/下面的R版本
rsession-which-r=~/biotools/anaconda2/bin/R
rsession-which-r=/usr/bin/R

四、Linux或服务器其他一些常用的命令

whereis R    ###查看软件安装位置

history   ####查看历史命令