Two points:

　　1. change backend of matplotlib: 

import matplotlib.pyplot as plt
plt.switch_backend('agg')

　　2. save figure via PdfPages:

from matplot.backends.backend_pdf import PdfPages
pdf = PdfPages('cut_figure.pdf')         #先创建一个pdf文件
plt.figure()
...
...
pdf.savefig()                            #将图片保存在pdf文件中
plt.close()
pdf.close()                              #这句必须有，否则程序结束pdf文件无法打开