1. 区别：

1.1 事务：

InnoDB支持事务，MyISAM不支持事务；对于InnoDB，每一条SQL语句都默认封装成事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好把多条SQL语句放在begin和commit之间，组成一个事务；

1.2 外键：

InnoDB支持外键（两个表之间，外键一是一棵索引B+树，键和索引表示同一个意思），MyISAM不支持外键；对一个包含外键的InnoDB表转为MyISAM会失败；

1.3 索引与数据文件：

InnoDB和MyISAM的索引都是使用B+树结构，但是：InnoDB使用的是 “聚集索引（clustered index） + 辅助索引（secondary index）”，其中聚集索引的叶子结点存储的是数据本身，数据文件直接存储在主键索引这棵B+树上，辅助索引的叶子节点存储的是主键的值，需要通过回表到主键B+树上才能找到数据，需要两次索引；MyISAM是非聚集索引，数据文件和索引是完全分离开的，所有索引树的叶子结点存储的都是 数据文件的地址指针。

也正是由于上述原因，InnoDB必须要有唯一索引（有主键索引最好，如果没有主键索引就使用第一个NOT NULL的唯一索引做聚簇索引，如果这个也没有，InnoDB就使用一个隐藏的row_id用来做聚簇索引，以存储数据文件），而MyISAM可以没有索引。

1.4 count(*)：

InnoDB不保存表的具体行数，执行 select count(*) from table 时需要全表扫描；而MyISAM使用一个变量保存了整个表的行数，执行上述语句时只需要读出该变量的值即可，速度很快。

InnoDB之所以不保存 count(*) 的值是因为： 由于InnoDB的事务特性，在同一时刻表中的行数对于不同的事务而言是不一样的（快照读），因此count统计会计算对于 当前事务 而言可以统计到的行数，而不是将总行数保存起来。

1.5 全文索引：

InnoDB不支持全文索引，MyISAM支持全文索引。（5.7 版本之后的InnoDB也开始支持全文索引了）

1.6 锁粒度：

InnoDB支持 行级锁（默认）、表级锁；MyISAM只支持表级锁。

注意InnoDB的行级锁是实现在索引上的，而不是锁在物理行记录上，也就是说如果访问没有命中索引，也无法使用行级锁，将使用表级锁。

1.7 存储文件格式：

InnoDB的存储文件有 frm、idb： frm是表定义文件， ibd 是数据文件；

MyISAM的存储文件有 frm、myd、myi： frm是表定义文件， myd 是数据文件， myi 是索引文件。

2. 如何选择：

2.1 是否需要支持事务：

如需要则必须选择InnoDB，如不需要可以考虑MyISAM；

2.2 并发度：

由于InnoDB采用的是行级锁，所以对数据库 “写” 操作能够支持更高的并发度，因此：当表中绝大多数的操作都是 读 操作时，可以考虑使用MyISAM；如果既有读也有写，请使用InnoDB。（例如 ）

2.3 崩溃恢复：

InnoDB在系统崩溃后恢复起来更容易（采用redo log + binlog “两阶段提交”的方式，redo log是循环写，当宕机后，redo log中存储的就是还没有来得及刷盘的数据），而MyISAM在系统崩溃后回复起来更困难（只有binlog，binlog是追加写，当宕机恢复后，不知道哪些数据写了磁盘，哪些数据还没写磁盘）；

redo log是InnoDB独有的，binlog是MySQL server层的，所有的存储引擎都可以使用；

2.4 MySQL默认的存储引擎：

MySQL 5.5 版本之后，InnoDB取代了MyISAM成为了系统的默认存储引擎，说明其优势有目共睹；如果你不知道用什么，那就用InnoDB，至少不会差。