常用的序列比对软件bwa：

bwa mem命令比对：

- 测试分值相关参数：

$ BWA mem -M -k10 -T10 ref.fa tst1.fq > tst1.sam

其中：
-M: mark shorter split hits as secondary (标记secodary比对结果)；
-k: minimum seed length [19] （比对的序列最短长度，默认是19bp）；这里设定10。

这里的seed不是太明白，是否是指read序列，还是有别的含义？测试是序列低于该阈值，则不显示比对结果。

-T: 比对的最小分值阈值，默认值30。即比对得分值<30不输出比对结果（结果显示未比对上），比对得分值>=30输出比对结果。这里设定10。
ref.fa: fasta格式的参考序列文件；
tst1.fq: 输入的fq文件；
tst1.sam：输出sam格式比对结果文件。

$ cat ref.fa
>seq1
CACGATGTCTCTCCTCTTAATGTGCTGCACATCTGTAGGATGGGGACAAA

该测试使用的默认分值，默认分值说明如下。

比对分值参数：

• -E: g+[1]*s (g:gap罚分值, s:gap的长度(从第1bp的gap开始算), [1]:该参数设定)
• -L: 按错配/indel，还是按softclip。 是选择分值高的作为最优比对。该分值设定越大，即对softclip的惩罚越大，那么选择最优比对时，更倾向于错配/indel（尽可能的比对上，而不是直接给出softclip），同样带来的弊端就是有很多错配。但是softclip的分值则不在AS中显示

举例说明：以上面测试的read id 为 2del2ins的序列为例

- CIGAR值得为：13M2D8M2I12M10S；(M:match;D:del;I:ins;S:softclip)
- AS tag给出比对分值："AS:i:17"（17分）
- 分值计算：
	- match得分：13+8+12=33
	- indel罚分：(6+1*2)+(6+1*2) = 16 (ins和del各有两个）
	- 最终得分：33-16=17

注意：这里的分值并没有计算softclip，因为softclip的分值是在比对过程中，用于计算：
是将一端的序列视为softclip还是视为可比对（有match、mistmach、indel)；
如果按比对的分值>视为softclip分值，则选择比对上结果，反之，视为softclip。