方法1: 修改原始input的checked状态, 重新渲染

<input type="checkbox" name="xxx" lay-skin="switch" lay-filter="flag">

layui.jquery('input[name="xxx"]').attr('checked', 'checked');  //改变开关为 开
layui.jquery('input[name="xxx"]').removeAttr('checked');  //改变开关为 关

//重新渲染
layui.form().render('checkbox');
方法2: 直接修改渲染后的div class

<input type="checkbox" name="xxx" lay-skin="switch" lay-filter="flag">

layui.jquery('input[name="xxx"]').next().addClass('layui-form-onswitch'); //开
layui.jquery('input[name="xxx"]').next().removeClass('layui-form-onswitch'); //关