1.bamdst -- a BAM Depth Stat Tool  对bam文件进行统计

安装bamdst  https://github.com/shiquan/bamdst

git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git
cd bamdst 
make

make后直接help后，查看用法，有时候可能会提示bamdst不存在，本来已经存在了，还会这样报错。把其路径加入环境变量后，就可以了。

bamdst --help    # ./bamdst --help 

使用bamdst  对bed格式目标区域的捕获统计，查看结果中的region.tsv.gz

bamdst -p region.bed -o ./result in.bam

如果没有时候，可以用CCDS  ，参考：https://www.jianshu.com/p/5a548c8df669

cat CCDS.20160908.txt |perl -alne '{/\[(.*?)\]/;next unless $1;$gene=$F[2];$exons=$1;$exons=~s/\s//g;$exons=~s/-/\t/g;print "$F[0]\t$_\t$gene" foreach split/,/,$exons;}'|sort -u |bedtools sort -i >exon_probe.hg38.gene.bed

ls ../alignment/*.bam|while read id;
do 
file=$(basename $id )
sample=${file%%.*} 
echo $sample
mkdir $sample
~/biosoft/bamdst/bamdst -p exon_probe.GRCh38.gene.bed  -o $sample $id 
done

2.samtools depth  计算每一个位点或者区域的测序深度并在标准显示设备中显示

samtools  还有很多其他用法，可以深入研究

3.用bedtools genomecov统计深度和覆盖度  

bedtools其他用法