解决方案有好几种：

• 网页版，无脑绘图，就是麻烦，没有写代码方便
• 极简版，gplots::venn
• 文艺版，venneuler，不好安装rJava，参见Y叔
• 酷炫版，VennDiagram

 

1. 网页版的就不说了，非常简单，直接输入数据就行；

2. 极简版

options(repr.plot.width=4, repr.plot.height=5)
vp <- gplots::venn(list(Nup=names(moduleListN_DEG[["up"]]), Ndown=names(moduleListN_DEG[["down"]]),
                 Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])))

3. 还没成功过，需安装rJava，代码如下：

set.seed(2017-11-08)
x <- matrix(sample(0:4, 40, TRUE, c(.5, .1, .1, .1, .1)), ncol=4)
colnames(x) <- LETTERS[1:4]
yyplot::ggvenn(x)

4. VennDiagram，只能保存图为文件（三种可选：tiff, png or svg），非常实用和美观，但是不能做下游美化。

library(VennDiagram)
venn.diagram(list(Nup=names(moduleListN_DEG[["up"]]), Ndown=names(moduleListN_DEG[["down"]]),
                 Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])), 
             fill=c("red","green","blue","yellow"), alpha=c(0.5,0.5,0.5,0.5), 
             imagetype = "tiff", category.names = rep("", 4),
             height = 600, width = 600, resolution = 100,
             cex=2, cat.fontface=4, filename="VennDiagram.tiff")

　　

 

参考：

R作图 在R中绘制韦恩图的几种方法 和 一些漂亮的venn图

ggplot2版本的维恩图 - Y叔公众号