matlab+mricron实现医学图像格式转化(dicom转nifti)
大部分医学图像处理软件都能实现格式转化,这里记录一下我在格式转化的时候采用的一个简单易行的方法。
原文链接:大佬博客
确保电脑已经安装Matlab与SPM12。
下载mricron:https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152
1、mricron配置环境变量
打开环境变量编辑器,将mricron中的Resources的路径添加到环境变量。
2、检查环境变量是否配置成功。
win+r,输入cmd
输入dcm2niix,出现如下所示则说明配置正确。
3、打开matlab,实现批量转化。
在matlab中新建脚本,输入以下代码并运行。
dirNames = cellstr(spm_select(Inf, 'dir'));
for i_a = 1:numel(dirNames)
dirName = dirNames{i_a};
cd(dirName);
fList = dir('*');
fList(1:2) = [];
if isempty(fList)
disp(dirName)
end
cmdline = sprintf('dcm2niix -g N %s', fList(1).name);
system(cmdline)
end
出现如图对话框,批量选择选择dicom文件所在的文件夹,运行就可以实现批量转换。转换后的nii文件默认保存在选择的文件夹下。