matlab+mricron实现医学图像格式转化(dicom转nifti)

matlab+mricron实现医学图像格式转化(dicom转nifti)

大部分医学图像处理软件都能实现格式转化,这里记录一下我在格式转化的时候采用的一个简单易行的方法。

原文链接:大佬博客

确保电脑已经安装Matlab与SPM12。
下载mricron:https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152

1、mricron配置环境变量
打开环境变量编辑器,将mricron中的Resources的路径添加到环境变量。
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2、检查环境变量是否配置成功。
win+r,输入cmd
matlab+mricron实现医学图像格式转化(dicom转nifti)
输入dcm2niix,出现如下所示则说明配置正确。
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3、打开matlab,实现批量转化。
在matlab中新建脚本,输入以下代码并运行。

dirNames = cellstr(spm_select(Inf, 'dir'));

for i_a = 1:numel(dirNames)
   dirName = dirNames{i_a};
   cd(dirName);
   fList = dir('*');
   fList(1:2) = [];
   
   if isempty(fList)
      disp(dirName) 
   end
   
   cmdline = sprintf('dcm2niix -g N %s', fList(1).name);
   system(cmdline)
end

出现如图对话框,批量选择选择dicom文件所在的文件夹,运行就可以实现批量转换。转换后的nii文件默认保存在选择的文件夹下。
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