#!/bin/bash
# 上面一行宣告这个script的语法使用bash语法，当程序被执行时，能够载入bash的相关环境配置文件。
# Program
#     This program is used for ChIP-seq data analysis.
# History
#     2020/11/13       zexing            First release
# 设置变量${dir}为常用目录
dir=~/liuziyi/projects/chipseq/2021.7.29/sra/ # 用户名称和日期需要更改

# 对数据进行质控
fastqc -t 16 -o ${dir}/fastqc_report/ ${dir}*.fastq

# 利用for循环进行后续操作
for i in H3K4ME1_WT H3K4ME1_4H_LPS H3K4ME1_24H_LPS H3K27AC_WT H3K27AC_4H_LPS H3K27AC_24H_LPS # 样品名称需要修改
do
# 对数据进行比对
bowtie2 -t -p 16 -x ~/liuziyi/reference/bowtie2_index/mm10 -q ${dir}/${i}.fastq -S ${dir}/sam/${i}.sam

# 对数据进行格式转换
samtools view -@ 16 -S ${dir}/sam/${i}.sam -1b -o ${dir}/bam/${i}.bam

# 对数据去除重复
samtools rmdup -s ${dir}/bam/${i}.bam ${dir}/bam_rmdup/${i}.bam

# 对数据进行排序
samtools sort -@ 16 -l 5 -o ${dir}/bam_sort/${i}.bam.sort ${dir}/bam_rmdup/${i}.bam

# 对数据生成目录
samtools index -@ 16 ${dir}/bam_sort/${i}.bam.sort 

# bamCoverage命令转换文件格式
bamCoverage -p 16 -v -b ${dir}/bam_sort/${i}.bam.sort -o ${dir}/bam_bw/${i}.bam.sort.bw

# 使用macs2进行常规callpeak
macs2 callpeak -t ${dir}/bam_sort/${i}.bam.sort -f BAM -g mm -B -q 0.05 --outdir ${dir}/macs2_callpeak/ -n ${i}

done