1. Iris data set
Iris数据集是常用的分类实验数据集,由Fisher, 1936收集整理。Iris也称鸢尾花卉数据集,是一类多重变量分析的数据集。数据集包含150个数据集,分为3类,每类50个数据,每个数据包含4个属性。可通过花萼长度,花萼宽度,花瓣长度,花瓣宽度4个属性预测鸢尾花卉属于(Setosa,Versicolour,Virginica)三个种类中的哪一类。
该数据集包含了5个属性:
- Sepal.Length(花萼长度),单位是cm;
- Sepal.Width(花萼宽度),单位是cm;
- Petal.Length(花瓣长度),单位是cm;
- Petal.Width(花瓣宽度),单位是cm;
- species (种类):Iris Setosa(山鸢尾)、Iris Versicolour(杂色鸢尾),以及Iris Virginica(维吉尼亚鸢尾)。
如表 11所示的iris部分数据集。
表 11
6.4 |
2.8 |
5.6 |
2.2 |
2 |
5 |
2.3 |
3.3 |
1 |
1 |
4.9 |
2.5 |
4.5 |
1.7 |
2 |
4.9 |
3.1 |
1.5 |
0.1 |
0 |
5.7 |
3.8 |
1.7 |
0.3 |
0 |
4.4 |
3.2 |
1.3 |
0.2 |
0 |
5.4 |
3.4 |
1.5 |
0.4 |
0 |
6.9 |
3.1 |
5.1 |
2.3 |
2 |
6.7 |
3.1 |
4.4 |
1.4 |
1 |
5.1 |
3.7 |
1.5 |
0.4 |
0 |
5.2 |
2.7 |
3.9 |
1.4 |
1 |
6.9 |
3.1 |
4.9 |
1.5 |
1 |
5.8 |
4 |
1.2 |
0.2 |
0 |
5.4 |
3.9 |
1.7 |
0.4 |
0 |
7.7 |
3.8 |
6.7 |
2.2 |
2 |
6.3 |
3.3 |
4.7 |
1.6 |
1 |
2. Neural Network
2.1 Perform
TensorFlow提供一个高水平的机器学习 API (tf.contrib.learn),使得容易配置(configure)、训练(train)和评估(evaluate)各种机器学习模型。tf.contrib.learn库的使用可以概括为五个步骤,如下所示:
2) Construct a neural network classifier
3) Fit the model using the training data
4) Evaluate the accuracy of the model
5)Classify new samples
2.2 Code
本节以对 Iris 数据集进行分类为例进行介绍,如下所示是完整的TensorFlow程序:
from __future__ import absolute_import from __future__ import division from __future__ import print_function import os import urllib import numpy as np import tensorflow as tf # Data sets IRIS_TRAINING = "iris_training.csv" IRIS_TRAINING_URL = "http://download.tensorflow.org/data/iris_training.csv" IRIS_TEST = "iris_test.csv" IRIS_TEST_URL = "http://download.tensorflow.org/data/iris_test.csv" def main(): # If the training and test sets aren't stored locally, download them. if not os.path.exists(IRIS_TRAINING): raw = urllib.urlopen(IRIS_TRAINING_URL).read() with open(IRIS_TRAINING, "w") as f: f.write(raw) if not os.path.exists(IRIS_TEST): raw = urllib.urlopen(IRIS_TEST_URL).read() with open(IRIS_TEST, "w") as f: f.write(raw) # Load datasets. training_set = tf.contrib.learn.datasets.base.load_csv_with_header( filename=IRIS_TRAINING, target_dtype=np.int, features_dtype=np.float32) test_set = tf.contrib.learn.datasets.base.load_csv_with_header( filename=IRIS_TEST, target_dtype=np.int, features_dtype=np.float32) # Specify that all features have real-value data feature_columns = [tf.contrib.layers.real_valued_column("", dimension=4)] # Build 3 layer DNN with 10, 20, 10 units respectively. classifier = tf.contrib.learn.DNNClassifier(feature_columns=feature_columns, hidden_units=[10, 20, 10], n_classes=3, model_dir="/tmp/iris_model") # Define the training inputs def get_train_inputs(): x = tf.constant(training_set.data) y = tf.constant(training_set.target) return x, y # Fit model. classifier.fit(input_fn=get_train_inputs, steps=2000) # Define the test inputs def get_test_inputs(): x = tf.constant(test_set.data) y = tf.constant(test_set.target) return x, y # Evaluate accuracy. accuracy_score = classifier.evaluate(input_fn=get_test_inputs, steps=1)["accuracy"] print("\nTest Accuracy: {0:f}\n".format(accuracy_score)) # Classify two new flower samples. def new_samples(): return np.array( [[6.4, 3.2, 4.5, 1.5], [5.8, 3.1, 5.0, 1.7]], dtype=np.float32) predictions = list(classifier.predict(input_fn=new_samples)) print( "New Samples, Class Predictions: {}\n" .format(predictions)) if __name__ == "__main__": main() |
3. Analysis
3.1 Load data
对于本文的程序,Iris数据集被分为两部分:
- 训练集:有120个样例,保存在iris_training.csv文件中;
- 测试集:有30个样例,保存在iris_test.csv文件中。
首先程序引入必要module,然后定义了数据集的本地路径和网络路径;
from __future__ import absolute_import from __future__ import division from __future__ import print_function import os import urllib import tensorflow as tf import numpy as np IRIS_TRAINING = "iris_training.csv" IRIS_TRAINING_URL = "http://download.tensorflow.org/data/iris_training.csv" IRIS_TEST = "iris_test.csv" IRIS_TEST_URL = http://download.tensorflow.org/data/iris_test.csv |
若本地路径上不存在数据集指定的文件,则通过网上下载。
if not os.path.exists(IRIS_TRAINING): raw = urllib.urlopen(IRIS_TRAINING_URL).read() with open(IRIS_TRAINING,'w') as f: f.write(raw) if not os.path.exists(IRIS_TEST): raw = urllib.urlopen(IRIS_TEST_URL).read() with open(IRIS_TEST,'w') as f: f.write(raw) |
接着将Iris数据集加载到TensorFlow框架中,使其TensorFlow能够直接使用。这其中使用了learn.datasets.base模块的load_csv_with_header()函数。该方法有三个参数:
- filename:指定了CSV文件的名字;
- target_dtype:指定了数据集中目标数据类型,其为numpy datatype类型;
- features_dtype:指定了数据集中特征向量的数据类型,其为numpy datatype类型。
如表 11所示,Iris数据中的目标值为:0~2,所以可以定义为整型数据就可以了,即np.int,如下所示:
# Load datasets. training_set = tf.contrib.learn.datasets.base.load_csv_with_header( filename=IRIS_TRAINING, target_dtype=np.int, features_dtype=np.float32) test_set = tf.contrib.learn.datasets.base.load_csv_with_header( filename=IRIS_TEST, target_dtype=np.int, features_dtype=np.float32) |
由于tf.contrib.learn中的数据类型(Datasets)是以元祖类型定义的,所以用户可以通过data 和 target两个域属性访问特征向量数据和目标数据。即training_set.data 和 training_set.target为训练数据集中的特征向量和目标数据。
3.2 Construct Estimator
tf.contrib.learn预定义了许多模型,称为:Estimators。用户以黑箱模型使用Estimator来训练和评估数据。本节使用tf.contrib.learn.DNNClassifier来训练数据,如下所示:
# Specify that all features have real-value data feature_columns = [tf.contrib.layers.real_valued_column("", dimension=4)] # Build 3 layer DNN with 10, 20, 10 units respectively. classifier = tf.contrib.learn.DNNClassifier(feature_columns=feature_columns, hidden_units=[10, 20, 10], n_classes=3, model_dir="/tmp/iris_model") |
首先程序定义了模型的feature columns,其指定了数据集中特征向量的数据类型。每种类型都有一个名字,由于本节的数据是实数型,所以这里使用.real_valued_column类型。该类型第一个参数指定了列名字,第二个参数指定了列的数量。其中所有的特征类型都定义在:tensorflow/contrib/layers/python/layers/feature_column.py.
然后程序创建了DNNClassifier模型,
- feature_columns=feature_columns:指定所创建的特征向量类型;
- hidden_units=[10, 20, 10]:设置隐藏层的层数,并指定每层神经元的数据量;
- n_classes=3:指定目标类型的数量,Iris数据有三类,所以这里为3;
- model_dir=/tmp/iris_model:指定模型在训练期间保存的路径。
3.3 Describe pipeline
TensorFlow框架的数据都是以Tensor对象存在,即要么是constant、placeholder或Variable类型。通常训练数据是以placeholder类型定义,然后用户训练时,传递所有的数据。本节则将训练数据存储在constant类型中。如下所示:
# Define the training inputs def get_train_inputs(): x = tf.constant(training_set.data) y = tf.constant(training_set.target) return x, y |
3.4 Fit DNNClassifier
创建分类器后,就可以调用神经网络中DNNClassifier模型的fit()函数来训练模型了,如下所示:
# Fit model. classifier.fit(input_fn=get_train_inputs, steps=2000) |
通过向fit传递get_train_inputs函数返回的训练数据,并指定训练的步数为2000步。
3.5 Evaluate Model
训练模型后,就可以通过evaluate()函数来评估模型的泛化能力了。与fit函数类似,evaluate函数的输入数据也需为Tensor类型,所以定义了get_test_inputs()函数来转换数据。
# Define the test inputs def get_test_inputs(): x = tf.constant(test_set.data) y = tf.constant(test_set.target) return x, y # Evaluate accuracy. accuracy_score = classifier.evaluate(input_fn=get_test_inputs, steps=1)["accuracy"] print("\nTest Accuracy: {0:f}\n".format(accuracy_score)) |
注意:
由于evaluate函数的返回值是一个Map类型(即dict类型),所以直接根据"accuracy"键获取值:accuracy_score。
3.6 Classify Samples
在训练模型后,就可以使用estimator模型的predict()函数来预测样例。如表 31有所示的两个样例,希望预测其为什么类型。
表 31
Sepal Length |
Sepal Width |
Petal Length |
Petal Width |
6.4 |
3.2 |
4.5 |
1.5 |
5.8 |
3.1 |
5 |
1.7 |
如下所示的程序:
# Classify two new flower samples. def new_samples(): return np.array( [[6.4, 3.2, 4.5, 1.5], [5.8, 3.1, 5.0, 1.7]], dtype=np.float32) predictions = list(classifier.predict(input_fn=new_samples)) print( "New Samples, Class Predictions: {}\n" .format(predictions)) |
输出: New Samples, Class Predictions: [1 2] |
注意:
由于predict()函数执行的返回结果类型是generator。所以上述程序将其转换为一个list对象。
4. Logging and Monitoring
由于TensorFlow的机器学习Estimator是黑箱学习,用户无法了解模型执行发生了什么,以及模型什么时候收敛。所以tf.contrib.learn提供的一个Monitor API,可以帮助用户记录和评估模型。
4.1 Default ValidationMonitor
默认使用fit()函数训练Estimator模型时,TensorFlow会产生一些summary数据到fit()函数指定的路径中。用户可以使用Tensorborad来展示更详细的信息。如图 1所示,执行上述程序DNNClassifier的fit()和evaluate()函数后,默认在TensorBoard页面显示的常量信息。
图 1
4.2 Monitors
为了让用户更直观地了解模型训练过程的细节,tf.contrib.learn提供了一些高级Monitors,使得用户在调用fit()函数时,可以使用Monitors来记录和跟踪模型的执行细节。如表 41所示是fitt()函数支持的Monitors类型:
表 41
Monitor |
Description |
CaptureVariable |
每执行n步训练,就将保存指定的变量值到一个集合(collection)中 |
PrintTensor |
每执行n步训练,记录指定的Tensor值 |
SummarySaver |
每执行n步训练,使用tf.summary.FileWriter函数保存tf.Summary 缓存 |
ValidationMonitor |
每执行n步训练,记录一批评估metrics,同时可设置停止条件 |
如\tensorflow\examples\tutorials\monitors\ iris_monitors.py所示的程序:
from __future__ import absolute_import from __future__ import division from __future__ import print_function import os import numpy as np import tensorflow as tf tf.logging.set_verbosity(tf.logging.INFO) # Data sets IRIS_TRAINING = os.path.join(os.path.dirname(__file__), "iris_training.csv") IRIS_TEST = os.path.join(os.path.dirname(__file__), "iris_test.csv") def main(unused_argv): # Load datasets. training_set = tf.contrib.learn.datasets.base.load_csv_with_header( filename=IRIS_TRAINING, target_dtype=np.int, features_dtype=np.float) test_set = tf.contrib.learn.datasets.base.load_csv_with_header( filename=IRIS_TEST, target_dtype=np.int, features_dtype=np.float) validation_metrics = { "accuracy": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_accuracy, prediction_key="classes"), "precision": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_precision, prediction_key="classes"), "recall": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_recall, prediction_key="classes"), "mean": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_mean, prediction_key="classes") } validation_monitor = tf.contrib.learn.monitors.ValidationMonitor( test_set.data, test_set.target, every_n_steps=50, metrics=validation_metrics, early_stopping_metric="loss", early_stopping_metric_minimize=True, early_stopping_rounds=200) # Specify that all features have real-value data feature_columns = [tf.contrib.layers.real_valued_column("", dimension=4)] # Build 3 layer DNN with 10, 20, 10 units respectively. classifier = tf.contrib.learn.DNNClassifier( feature_columns=feature_columns, hidden_units=[10, 20, 10], n_classes=3, model_dir="/tmp/iris_model", config=tf.contrib.learn.RunConfig(save_checkpoints_secs=1)) # Fit model. classifier.fit(x=training_set.data, y=training_set.target, steps=2000, monitors=[validation_monitor]) # Evaluate accuracy. accuracy_score = classifier.evaluate( x=test_set.data, y=test_set.target)["accuracy"] print("Accuracy: {0:f}".format(accuracy_score)) # Classify two new flower samples. new_samples = np.array( [[6.4, 3.2, 4.5, 1.5], [5.8, 3.1, 5.0, 1.7]], dtype=float) y = list(classifier.predict(new_samples)) print("Predictions: {}".format(str(y))) if __name__ == "__main__": tf.app.run() |
4.3 Configuring ValidationMonitor
如图 1所示,如果没有指定任何evaluation metrics,那么ValidationMonitor默认会记录loss和accuracy信息。但用户可以通过创建ValidationMonitor对象来自定义metrics信息。
即通过向ValidationMonitor构造函数传递一个metrics参数,该参数是一个Map类型(dist),其中的key是希望显示的名字,value是一个MetricSpec对象。
其中tf.contrib.learn.MetricSpec类的构造函数有如下四个参数:
- metric_fn:是一个函数,TensorFlow在tf.contrib.metrics模块中预定义了一些函数,用户可以直接使用;
- prediction_key:如果模型返回一个Tensor或与一个单一的入口,那么这个参数可以被忽略;
- label_key:可选
- weights_key:可选
如下所示创建一个dist类型的对象:
validation_metrics = { "accuracy": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_accuracy, prediction_key="classes"), "precision": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_precision, prediction_key="classes"), "recall": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_recall, prediction_key="classes"), "mean": tf.contrib.learn.MetricSpec( metric_fn=tf.contrib.metrics.streaming_mean, prediction_key="classes") } validation_monitor = tf.contrib.learn.monitors.ValidationMonitor( test_set.data, test_set.target, every_n_steps=50, metrics=validation_metrics, early_stopping_metric="loss", early_stopping_metric_minimize=True, early_stopping_rounds=200) |
注意:Python中的dist可以直接以一对"{}"初始化元素,如上validation_metrics对象创建所示。